В 2009 году при открытии саркофага в Софийском соборе Киева выяснилось, что останки, которые считали принадлежащими Ярославу Мудрому, исчезли. Хотя ещё в 1939 году учёные держали в руках мужской скелет, который по возрасту, росту и характерным изменениям костей соответствовал описаниям князя, а антрополог Михаил Герасимов создал по его черепу известную реконструкцию лица.

По данным исследования «Тайны гробницы Ярослава Мудрого», в декабре 1940 года оба скелета — мужской и женский — вернули из Ленинграда в Киев. Известно, что они поступили в фонды Софии Киевской, но не были сразу положены в саркофаг. Однако уже во время Второй мировой войны фонды не эвакуировали, часть музейного имущества была утеряна, а останки князя оставались в фондах, откуда их было легче вынести.

После войны появились свидетельства украинских эмигрантов, что скелет Ярослава мог быть вывезен из Киева. Митрополит Иларион (Иван Огиенко) в 1954 году писал, что останки вместе с иконой Николы Мокрого оказались в руках одного человека, который впоследствии жил в Нью-Йорке. Другие свидетельства указывали на возможную передачу останков архиепископу Никанору и последующий вывоз через Варшаву и Германию в США.

В 1964 году сотрудники заповедника, считая, что имеют кости Ярослава, положили их в саркофаг. Однако при открытии в 2009 году выяснилось, что в шкатулке находился только один скелет, и тот — женский. Радиоуглеродный анализ показал, что кости принадлежат разным эпохам: часть — XII–XIII века, другая — ещё скифским временам. То есть останки Ярослава Мудрого из гробницы исчезли.

Поиски привели исследователей в США. По свидетельствам, останки могли храниться в церкви Святой Троицы в Нью-Йорке вместе с иконой Николы Мокрого. Архиепископ Антоний подтвердил такую возможность, однако доступа к реликвиям исследователи не получили, и провести экспертизу не удалось. В 2025 году Неля Куковальская вновь заявила, что американская след остаётся основным, но научно подтвердить это пока не удалось.

«Спрятаны на эмиграции в добрых руках», — такой ответ получили в 1952 году относительно местонахождения останков, как писал Иван Огиенко.

Как подытоживает 24 Канал, история исчезновения останков Ярослава Мудрого до сих пор остаётся неразгаданной, а саркофаг в Софии Киевской — пустым.