У 2009 році під час відкриття саркофага у Софійському соборі Києва виявилося, що останки, які вважали належними Ярославу Мудрому, зникли. Хоча ще у 1939 році вчені тримали в руках чоловічий скелет, який за віком, зростом і характерними змінами кісток відповідав описам князя, а антрополог Михайло Герасимов створив за його черепом відому реконструкцію обличчя.

За даними дослідження "Таємниці гробниці Ярослава Мудрого", у грудні 1940 року обидва скелети — чоловічий і жіночий — повернули з Ленінграда до Києва. Відомо, що вони надійшли до фондів Софії Київської, але не були одразу покладені до саркофага. Проте вже під час Другої світової війни фонди не евакуювали, частину музейного майна було втрачено, а останки князя залишалися у фондах, звідки їх було легше винести.

Після війни з’явилися свідчення українських емігрантів, що скелет Ярослава міг бути вивезений з Києва. Митрополит Іларіон (Іван Огієнко) у 1954 році писав, що останки разом із іконою Миколи Мокрого опинилися в руках однієї людини, яка згодом жила у Нью-Йорку. Інші свідчення вказували на можливу передачу останків архієпископу Никанору та подальше вивезення через Варшаву і Німеччину до США.

У 1964 році працівники заповідника, вважаючи, що мають кістки Ярослава, поклали їх у саркофаг. Проте під час відкриття у 2009 році з’ясувалося, що у скриньці знаходився лише один скелет, і той — жіночий. Радіовуглецевий аналіз показав, що кістки належать різним епохам: частина — XII–XIII століття, інша — ще скіфським часам. Тобто останки Ярослава Мудрого з гробниці зникли.

Пошуки привели дослідників до США. За свідченнями, останки могли зберігатися у церкві Святої Трійці в Нью-Йорку разом із іконою Миколи Мокрого. Архієпископ Антоній підтвердив таку можливість, однак доступу до реліквій дослідники не отримали, і провести експертизу не вдалося. У 2025 році Неля Куковальська знову заявила, що американський слід залишається основним, але науково підтвердити це поки не вдалося.

"Сховані на еміграції в добрих руках", — таку відповідь отримали у 1952 році щодо місцезнаходження останків, як писав Іван Огієнко.

Як підсумовує 24 Канал, історія зникнення останків Ярослава Мудрого досі залишається нерозгаданою, а саркофаг у Софії Київській — порожнім.