У 1961 році в невідомих раніше печерах під тропічним лісом Борнео вперше провели наукові дослідження, відкривши цілий прихований світ під землею.
Центральним об’єктом національного парку є гора Мулу (Гунунг Мулу) у штаті Саравак, висотою 2376 метрів. Проте саме вапнякові породи, що формують цю місцевість, привернули увагу вчених через їхню здатність розчинятися під впливом води, утворюючи складні системи печер. За словами дослідників, достатньо незначної кількості дощу або ґрунтових вод, які поглинають вуглекислий газ, щоб за тисячі років сформувалися численні порожнини, проходи та сеноти.
У 1961 році Малайзійська геологічна служба провела перші наукові дослідження печер, зокрема Оленью, Вітрову та Тигрової Лапи. Однак масштабна експедиція розпочалася лише у 1977 році, тривала 15 місяців і включала понад 100 науковців, а також представників місцевих спільнот Бераван і Пенан. Три місяці дослідники провели безпосередньо під землею, вивчаючи як відомі, так і нововідкриті проходи загальною довжиною 50 кілометрів.
Одним із найбільших досягнень стала 25,7-кілометрова система печери Клируотер, яка нині є частиною однієї з найдовших у світі печерних систем із загальною протяжністю 260 кілометрів. Печери Гунунг Мулу мають кілька світових рекордів: Саравакська камера — найбільша за площею підлоги (700 на 400 метрів, висота 80 метрів), а печера Дір — найбільший печерний прохід у світі на момент відкриття (діаметр 120–150 метрів), хоча згодом її перевершила печера Сон Доонг у В’єтнамі.
Головним відкриттям стало те, що печери не є ізольованими утвореннями. Зміни атмосферного тиску і температури спричиняють рух повітря через взаємопов’язані проходи, що створює сильні протяги. Ці звуки, відомі як "дихання печери", привернули увагу палеонтологів. Саме цей вой гори допоміг науковцям виявити печерну систему та унікальний світ, який у ній існує, як повідомляє IFLScience.