27 вересня 1941 року в окупованому нацистами Києві було оприлюднено наказ коменданта: всім євреям міста з'явитися на збірний пункт у районі Бабиного Яру «для евакуації». Уже за два дні тут розпочалися масові розстріли.

Перед цим, 24 вересня, у Києві пролунали вибухи — радянські диверсанти підірвали заміновані будівлі на Хрещатику та сусідніх вулицях. Внаслідок пожежі центр міста майже повністю згорів. Окупаційна влада звинуватила у підриві диверсантів і євреїв.

26 вересня на нараді окупаційної адміністрації було ухвалено рішення про «остаточне вирішення» — місцем масового знищення визначили Бабин Яр, довжиною 2,5 км і глибиною до 50 метрів. Призначили розстрільну команду, окреслили район, який мала оточити поліція, і визначили кількість киян для сортування речей та цінностей, відібраних у жертв.

27 вересня з'явилися оголошення з підписом генерал-майора Курта Еберхарда. Євреям наказали зібратися 29 вересня біля вулиць Дехтярівська і Мельникова, взявши з собою документи та особисті речі. У разі непокори погрожували розстрілом. «Хто не з'явиться — буде розстріляний», — йшлося в оголошенні.

Коли люди прибували на місце, їх роздягали, били й гнали до місця страти. За перші два дні у Бабиному Яру було вбито понад 30 тисяч людей. Тих, хто не прийшов, шукали по квартирах, звозили до гаражів, а потім вантажівками доправляли до місця розстрілу.

«Хто не з'явиться — буде розстріляний», — зазначалося в оголошенні окупаційної влади.

Масові вбивства тривали до звільнення Києва. Останні розстріли відбулися 4 листопада 1943 року — за два дні до входу радянських військ. За цей період у Бабиному Яру загинули майже 100 тисяч людей.

Трагедія Бабиного Яру довго замовчувалася радянською владою, яка не вписувала знищення євреїв у офіційну ідеологію «Великої вітчизняної війни». Лише після стихійного мітингу 1966 року за участю письменників Івана Дзюби та Віктора Некрасова про трагедію почали говорити публічно, а згодом встановили перший пам'ятник жертвам.

Бабин Яр став місцем масових розстрілів не лише євреїв, а й ромів, радянських військовополонених, в'язнів Сирецького концтабору, підпільників, українських націоналістів, священиків та монахинь. 27 лютого 1942 року тут розстріляли 621 представника українського націоналістичного підпілля. Жертвами стали й члени Буковинського куреня ОУН. Перед відступом окупанти намагалися приховати сліди злочинів: тіла відкопували, спалювали у відкритих «печах», кістки перемелювали, а попіл розсипали по околицях.